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1.实行理事会领导下的主任负责制。赣州市市长漆海云担任实验室理事长,葛世荣担任实验室主任,杨斌担任实验室执行主任。
2.理事会下设学术委员会,作为理事会的咨询机构。成员由相关技术领域国内外科学家和知名专家组成,对实验室学科布局、主要研究方向提出建议,对重大学术前沿和关键技术识别提供判断咨询,对重大学术活动和人才团队建设提供咨询和指导。
3.主任办公会管理实验室各部门的日常运营。